Genomska karakterizacija, konzervacija i selekcija s optimalnim doprinosima kod hrvatskih mliječnih pasmina ovaca

O PROJEKTU

Profitabilnost uzgoja istarske (IO) i paške ovce (PO) predodređena je njihovim osobinama u proizvodnji mlijeka u okvirima postojeće ekološke niše. Selekcija na mliječnost važna je za gospodarsku održivost ovih pasmina, a održanje genetskog varijabiliteta za njihovu „plastičnost“ i adaptabilnost na možebitne okolišne promjene u budućnosti. Ubrzanim razvojem molekularnih genetskih metoda u novije vrijeme stvoreni su uvjeti za učinkovitu i cjenovno prihvatljivu genotipizaciju većeg broja lokusa (SNP-ova) otvarajući mogućnost značajnije primjene genomske informacije u praksi (npr. genomska selekcija, GS). Uvažavajući potencijalne prednosti GS, prelazak na ovaj sustav u budućnosti se očekuje u svim stočarskim uzgojnim programima. Budući da prelaz na GS i njena opstojnost iziskuju značajna financijska ulaganja, potrebno je detaljno analizirati potencijal primjene GS u populacijama IO i PO. Cilj projekta je detaljnom analizom podataka u populacijama IO i PO valorizirati mogućnost primjene selekcije s optimalnim doprinosima (OCS) koja istovremeno maksimizira genetski napredak i minimalizira gubitak genetskog varijabiliteta. Navedeno se postiže simultanom selekcijom jedinki visokog genetskog potencijala i najmanjeg stupnja srodstva s ostatkom populacije. Uvažavajući OCS principe i dobivene rezultate projekt će imati dvostruki značaj: 1) „ex situ in vitro“ očuvanje „optimalnog genoma“ koji predstavlja rezultat sinergijskog djelovanja čovjeka i prirode kroz povijest i 2) „in situ in vivo“ očuvanje pasmina kroz selekcijski napredak za svojstva mliječnosti. Genotipizacijom, analizom genomskih podataka i primjenom optimizacijskih metoda ovim projektom će se omogućiti karakterizacija, očuvanje i optimizacija uzgoja mliječnih pasmina ovaca u Republici Hrvatskoj. Rezultati će doprinijeti dugovječnosti IO i PO i time osigurati brojne koristi uzgajivačima, prerađivačima i potrošačima. Također, rezultati će poslužiti i kao smjernice za provedbu selekcije uz očuvanje genetskog varijabiliteta kod drugih pasmina ovaca i vrsta domaćih životinja.

k

PROJEKT: IP-2019-04-3559

VRIJEDNOST PROJEKTA: 793.700,00kn

TRAJANJE PROJEKTA: 01.01.2020.-31.12.2023.

Oprema i radni materijal

Radna stanica HP

Pribor za uzorkovanje (Allflex)

Kompresorski hladnjak CFX-28

Novosti

EAAP – Mediteranska regija

24.-26.04.2024., Nicosia, Cyprus

1. Dani hrvatskog stočarstva

07.-09.11.2023., Osijek

21. izložba paške ovce i paškog sira i 6. sajam hrvatskih zaštićenih proizvoda u sklopu kojih je predstavljena monografija “Paška ovca” s rezultatima iz HRZZ projekta (IP-2019-04-3559);

16.-17.06.2023., Novalja, otok Pag

Knjige

  1. Mrode, R.A. (2014): Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 3rd Edition, CABI Publishing, UK.
  2. Weller, J.I. (2016): Genomic Selection in Animals. John Wiley & Sons. New Jersey.
  3. Simm G. (2002): Genetic Improvement of Cattle and Sheep. Oxford University Press. UK.

Galerija

Uzorkovanje paških ovaca

Uzorkovanje istarskih ovaca

Slike: AZZRI Pazin

PublikacijE

Kasap, A., Smutni, B., Ramljak, J., Držaić, V., Mioč, B., Špehar, M. The impact of inbreeding on birth weight in the
Pag sheep breed59 hrvatski  i 19. međunarodni simpozij agronoma, Zbornik radova. Carović-Stanko, K., Kljak, K. (ur.). Zagreb, Hrvatska, 2024. str. 316-321 . – PPT; PDF

Ramljak, J., Špehar, M., Držaić, V., Šubara, G., Šuran, E., Kasap, A.  Genomic inbreeding between flocks in Istrian
Sheep59 hrvatski  i 19. međunarodni simpozij agronoma, Zbornik radova. Carović-Stanko, K., Kljak, K. (ur.). Zagreb, Hrvatska, 2024. str. 351-355. PTT; PDF

Mioč, B., Držaić, V., Kasap, A. Uzgojno-tehnološki postupci u proizvodnji ovčjeg mlijeka. Dani hrvatskog stočarstva, Osijek,  Hrvatska, 2023–  PDF 

Kasap, A., Špehar, M. Provedba uzgojnih programa na primjeru istarske i paške ovce. Dani hrvatskog stočarstva, Osijek,  Hrvatska, 2023–  PDF; PTT;

Špehar, M., Margeta, P., Tissauer, V., Solić, D., Ivkić, Z. Aktivnosti HAPIH-a u očuvanju i razvoju izvornih i ugroženih pasmina, Osijek,  Hrvatska, 2023–  PDF 

Ramljak, J.; Špehar, M.; Kasap, A. Genomic inbreeding in Istrian sheep – baseline for optimum contribution selection. 4th International Congress of Applied Statistics, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina, 2023. –  PDF 

Kasap, A.; Ramljak, J.; Smutni, B.; Špehar, M. Estimate of inbreeding depression of the birth weight in the population of Pag sheep breed. 4th International Congress of Applied Statistics, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina, 2023. –  PDF 

Ramljak, J.; Barać, Z.; Nidal, K.; Menčik, S.; Špehar, M.; Kasap, A.; Margeta, P.; Šuran, E.; Držaić, V.; Poljak, F.; Ivanković, A. Gene Bank for Animal Genetic Resources in the Republic of Croatia32nd Annual Meeting of the  International Association for the Conservation of Animal Breeds in the Danube Region (DAGENE), Bábolna, Hungary, 2023. –  PPT; PDF 

Ramljak, J.; Špehar, M,; Držaić, V.; Kasap. Genomic patterns of homozygosity in Istrian sheep. 58th Croatian & 18th International Symposium on Agriculture, Dubrovnik, Croatia, 2023. –  PPT; PDF 

Kasap, A.; Mijadžiković, Z.;  Smutni, B.; Mioč, B.; Špehar, M. Estimation of inbreeding coefficient and generation interval in Pag Sheep – baseline for development of optimum contribution selection. 58th Croatian & 18th International Symposium on Agriculture, Dubrovnik, Croatia, 2023. PPT; PDF

Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A. Assessing Among Flocks Genetic Diversity in Istrian Sheep to Define a Framework for Optimum Contribution Selection. Animal Science Days, Zadar, Hrvatska, 2022. PDF 

Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Increasing Effective Population Size by Strengthening Genetic Connectedness Between flocks: Case Study on Pag Sheep Breed. Animal Science Days, Zadar, Hrvatska, 2022. PDF

Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A. Genome-wide association study for daily milk yield in Istrian dairy sheep. 73rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science / EAAP Scientific committee (ur.) Porto, Portugal, 2022. str. 695.PDF 

Ramljak, J.; Špehar, M.; Kasap, A.; Mioč, B.; Širić, I.; Ivanković, A.; Barać, D.; Barać, Z.; Držaić, V. SNP-based genetic diversity in Pag sheep – preliminary results. 73rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science / EAAP Scientific committee (ur.) Porto, Portugal, 2022. str. 696. – PDF

Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Estimation of linkage disequlibrium in Pag and Istrian sheep breed: towards genomic optimum contribution selection. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production / WCGALP Scientific committee (ur.) Rotterdam, Nizozemska, 2022. str. 1-4.PDF 

Špehar, M.; Ramljak, J.; Poslon, V.; Kasap, A. Partitioning of genetic trends by flock and gender in Istrian sheep breed. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production / WCGALP Scientific committee (ur.) Rotterdam, Nizozemska, 2022. str. 1-4.PDF 

Kasap, A.; Božulić, L.; Ramljak, J.; Mioč, B.; Špehar, M. Particija genetskog trenda prema spolu i stadu za dnevnu količinu mlijeka Paške ovce. 57 hrvatski i 17 međunarodni simpozij agronoma, Proceedings. Majić, I., Antunović, Z. (ur.). Osijek, Hrvatska, 2021. str. 258-258.PDF 

Kasap, A.; Špehar, M., Gorjanc, G., Ivanković, A., Barać, Z., Ramljak, J. Analysis of genealogical information and estimation of population parameters in population of Istrian sheep. 56hrvatski i 16 međunarodni simpozij agronoma, Book of Abstracts. Rozman, V., Antunović, Z. (ur.). Osijek, Hrvatska, 2021. str. 258-258.PDF

Kasap, A.; Špehar, M.; Mioč, B.; Držaić, V.; Širić, I.; Jurković, D.; Ramljak, J. The impact of age at first lambing on some dairy traits in Istrian sheep breed. 56 hrvatski i 16 međunarodni simpozij agronoma, Book of Abstracts. Rozman, V., Antunović, Z. (ur.). Osijek, 2021. str.  257-257. – PDF

Ramljak, J., Špehar, M., Ivanković, A., Kasap, A. Assessing genetic diversity of Pag sheep through pedigree analyses. Book of Abstracts of the International Symposium 29th Animal Science days. Gödöllő, Mađarska, 2021. str. 1-1.PDF

Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Estimation of genetic connectedness between flocks in population of Istrian sheep. Book of Abstracts of the International Symposium 29th Animal Science days. Gödöllő, Mađarska, 2021. str. 1-1. – PDF

Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A. Partitioning of genetic trends by flock in Istrian sheep breed. Book of Abstracts of the 72nd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science. EAAP scientific committee (ur.). Davos, Švicarska, 2021.str. 228-228. – Link, PDF

Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Genomic PCA – a proxy for monitoring genetic connectedness between flocks (case study on sheep). Book of Abstracts of the 72th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science / EAAP scientific committee (ur.). Davos, Švicarska, 2021. str. 451-451. – Link, PDF

Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A.; Estimation of genetic parameters and the effect of inbreeding on dairy traits in Istrian sheep. Italian Journal of Animal Science 2021, 1,  331-342, doi.org/10.1080/1828051X.2022.2031320.  – Link, PDF

Kasap, A.; Ramljak, J.; Mioč, B.; Držaić, V.; Širić, I.; Jurković, D.; Špehar, M. The Impact of Age at First Lambing on Milk Yield and Lactation Length in a Population of Istrian Sheep under Semi-Intensive Management. Animals 2021, 11, 1604. – Link, PDF

Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Estimation of Population-Specific Genetic Parameters Important for Long-Term Optimum Contribution Selection – Case Study on a Dairy Istrian Sheep Breed. Animals 2021, 8, 2356.Link, PDF

Diseminacija

7. 26 međunarodni znanstveni simpozij  biometrike – BIOSTAT 2023; 14.-17.06.2023., Zadar

6. 24. savjetovanje uzgajivača ovaca i koza u Republici Hrvatskoj i 23. izložba hrvatskih ovčjih i kozjih sireva; 24.-25.10.2022., Seget Donji 

5.Reportaža emisije Plodovi zemlje na HRT1 “Spašavanje istarske ovce”  

10.04.2022., Pazin

4. 23.   savjetovanje uzgajivača ovaca i koza u Republici Hrvatskoj i i 22. izložba hrvatskih ovčjih i kozjih sireva; 30.09.-01.10.2021., Rabac

3. Članak u Ovčarsko kozarskom listu “Razvoj strategije za implementaciju selekcije s optimalnim doprinosima u funkciji genetskog napretka i očuvanja genetskog diverziteta za svojstva mliječnosti”

2. Obuka djelatnika za upravljanje bazama podataka genetskog materijala,

siječanj, 2021. 

1. 22. savjetovanje uzgajivača ovaca i koza u Republici Hrvatskoj,

25. studeni 2020., on-line;

Špehar, M., Ramljak, J., Kasap, A. (2020):

Razvoj strategije za implementaciju selekcije s optimalnim doprinosima u funkciji genetskog napretka i očuvanja genetskog diverziteta za svojstva mliječnosti.

Link, PDF

ISTRAŽIVAČKA GRUPA

Izv.prof.dr.sc. Jelena Ramljak voditelj projekta

Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zavod za specijalno stočarstvo

Prof.dr.sc. Boro Mioč

Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zavod za specijalno stočarstvo

Doc.dr.sc. Ante Kasap

Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zavod za specijalno stočarstvo

Dr.sc. Valentino Držaić

Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zavod za specijalno stočarstvo

Dr. sc. Ivan Pocrnić

University of Edinburgh, UK

Dr.sc. Gregor, savjetnik

University of Edinburgh, UK

Prof.dr.sc Ante Ivanković

Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zavod za specijalno stočarstvo

Doc.dr.sc. Ivan Širić

Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet, Zavod za specijalno stočarstvo

Dr.sc. Marija Špehar

Hrvatska agencija za poljoprivredu i hranu (HAPIH)