Genomska karakterizacija, konzervacija i selekcija s optimalnim doprinosima kod hrvatskih mliječnih pasmina ovaca
O PROJEKTU
Profitabilnost uzgoja istarske (IO) i paške ovce (PO) predodređena je njihovim osobinama u proizvodnji mlijeka u okvirima postojeće ekološke niše. Selekcija na mliječnost važna je za gospodarsku održivost ovih pasmina, a održanje genetskog varijabiliteta za njihovu „plastičnost“ i adaptabilnost na možebitne okolišne promjene u budućnosti. Ubrzanim razvojem molekularnih genetskih metoda u novije vrijeme stvoreni su uvjeti za učinkovitu i cjenovno prihvatljivu genotipizaciju većeg broja lokusa (SNP-ova) otvarajući mogućnost značajnije primjene genomske informacije u praksi (npr. genomska selekcija, GS). Uvažavajući potencijalne prednosti GS, prelazak na ovaj sustav u budućnosti se očekuje u svim stočarskim uzgojnim programima. Budući da prelaz na GS i njena opstojnost iziskuju značajna financijska ulaganja, potrebno je detaljno analizirati potencijal primjene GS u populacijama IO i PO. Cilj projekta je detaljnom analizom podataka u populacijama IO i PO valorizirati mogućnost primjene selekcije s optimalnim doprinosima (OCS) koja istovremeno maksimizira genetski napredak i minimalizira gubitak genetskog varijabiliteta. Navedeno se postiže simultanom selekcijom jedinki visokog genetskog potencijala i najmanjeg stupnja srodstva s ostatkom populacije. Uvažavajući OCS principe i dobivene rezultate projekt će imati dvostruki značaj: 1) „ex situ in vitro“ očuvanje „optimalnog genoma“ koji predstavlja rezultat sinergijskog djelovanja čovjeka i prirode kroz povijest i 2) „in situ in vivo“ očuvanje pasmina kroz selekcijski napredak za svojstva mliječnosti. Genotipizacijom, analizom genomskih podataka i primjenom optimizacijskih metoda ovim projektom će se omogućiti karakterizacija, očuvanje i optimizacija uzgoja mliječnih pasmina ovaca u Republici Hrvatskoj. Rezultati će doprinijeti dugovječnosti IO i PO i time osigurati brojne koristi uzgajivačima, prerađivačima i potrošačima. Također, rezultati će poslužiti i kao smjernice za provedbu selekcije uz očuvanje genetskog varijabiliteta kod drugih pasmina ovaca i vrsta domaćih životinja.
PROJEKT: IP-2019-04-3559
VRIJEDNOST PROJEKTA: 793.700,00kn
TRAJANJE PROJEKTA: 01.01.2020.-31.05.2024.
Terensko istraživanje na otoku Pagu
Nastavljeno sakupljanje uzoraka tkiva paških ovaca.
Sakupljanje uzoraka paške ovce
Od ukupnog broja ovaca pod selekcijskom obuhvatom, do sada je uzorkovano oko 240 jedinki paške ovce iz dva gospodarstava.
Sakupljanje uzoraka istarske ovce
Od ukupnog broja ovaca pod selekcijskom obuhvatom, do sada je uzorkovano više od 700 jedinki istarske ovce iz 12 gospodarstava.
Uzgajivači istarske i paške ovce u čijim stadima su sakupljani uzorci
Oprema i radni materijal
Radna stanica HP
Pribor za uzorkovanje (Allflex)
Kompresorski hladnjak CFX-28
Novosti
Potpisan ugovor s Bankom gena AZRRI i Bankom gena HAPIH-a
o ustupanju biološkog materijala.
2024.
Objavljena znanstvena monografija “Paška ovca” autora Mioč, B., Barać, Z i Kasap, A.
lipanj, 2024., Novalja
21. izložba paške ovce i paškog sira i 6. sajam hrvatskih zaštićenih proizvoda u sklopu kojih je predstavljena monografija “Paška ovca” s rezultatima iz HRZZ projekta (IP-2019-04-3559);
16.-17.06.2023., Novalja, otok Pag
Knjige
- Mrode, R.A. (2014): Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 3rd Edition, CABI Publishing, UK.
- Weller, J.I. (2016): Genomic Selection in Animals. John Wiley & Sons. New Jersey.
- Simm G. (2002): Genetic Improvement of Cattle and Sheep. Oxford University Press. UK.
Galerija
Uzorkovanje paških ovaca
Uzorkovanje istarskih ovaca
Slike: AZZRI Pazin
PublikacijE
Kasap, A.; Špehar, M.; Držaić, V.; Mioč, B.; Barać, D.; Barać, Z.; Ramljak, J. Genome-wide assesment of inbreeding (FROH) in Pag sheep. 2nd EAAP Regional Meeting – Mediterranean Region, Nicosia, Cipar, 2024. – PDF
Špehar, M:, Astruc, J.M., Ramljak, J.; Kasap, A. Opportunities and obstacles of the use of genomic data in sheep breeding – large versus small populations. ICAR & INTERBULL Congress, Bled, Slovenija, 2024. – PPT
Mioč, B., Držaić, V., Kasap, A. Uzgojno-tehnološki postupci u proizvodnji ovčjeg mlijeka. Dani hrvatskog stočarstva, Osijek, Hrvatska, 2023. – PDF
Špehar, M., Margeta, P., Tissauer, V., Solić, D., Ivkić, Z. Aktivnosti HAPIH-a u očuvanju i razvoju izvornih i ugroženih pasmina, Osijek, Hrvatska, 2023. – PDF
Ramljak, J.; Špehar, M.; Kasap, A. Genomic inbreeding in Istrian sheep – baseline for optimum contribution selection. 4th International Congress of Applied Statistics, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina, 2023. – PDF
Kasap, A.; Ramljak, J.; Smutni, B.; Špehar, M. Estimate of inbreeding depression of the birth weight in the population of Pag sheep breed. 4th International Congress of Applied Statistics, Sarajevo, Bosnia and Herzegovina, 2023. – PDF
Ramljak, J.; Barać, Z.; Nidal, K.; Menčik, S.; Špehar, M.; Kasap, A.; Margeta, P.; Šuran, E.; Držaić, V.; Poljak, F.; Ivanković, A. Gene Bank for Animal Genetic Resources in the Republic of Croatia. 32nd Annual Meeting of the International Association for the Conservation of Animal Breeds in the Danube Region (DAGENE), Bábolna, Hungary, 2023. – PPT; PDF
Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A. Assessing Among Flocks Genetic Diversity in Istrian Sheep to Define a Framework for Optimum Contribution Selection. Animal Science Days, Zadar, Hrvatska, 2022. – PDF
Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Increasing Effective Population Size by Strengthening Genetic Connectedness Between flocks: Case Study on Pag Sheep Breed. Animal Science Days, Zadar, Hrvatska, 2022. – PDF
Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A. Genome-wide association study for daily milk yield in Istrian dairy sheep. 73rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science / EAAP Scientific committee (ur.) Porto, Portugal, 2022. str. 695. – PDF
Ramljak, J.; Špehar, M.; Kasap, A.; Mioč, B.; Širić, I.; Ivanković, A.; Barać, D.; Barać, Z.; Držaić, V. SNP-based genetic diversity in Pag sheep – preliminary results. 73rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science / EAAP Scientific committee (ur.) Porto, Portugal, 2022. str. 696. – PDF
Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Estimation of linkage disequlibrium in Pag and Istrian sheep breed: towards genomic optimum contribution selection. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production / WCGALP Scientific committee (ur.) Rotterdam, Nizozemska, 2022. str. 1-4. – PDF
Špehar, M.; Ramljak, J.; Poslon, V.; Kasap, A. Partitioning of genetic trends by flock and gender in Istrian sheep breed. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production / WCGALP Scientific committee (ur.) Rotterdam, Nizozemska, 2022. str. 1-4. – PDF
Kasap, A.; Božulić, L.; Ramljak, J.; Mioč, B.; Špehar, M. Particija genetskog trenda prema spolu i stadu za dnevnu količinu mlijeka Paške ovce. 57 hrvatski i 17 međunarodni simpozij agronoma, Proceedings. Majić, I., Antunović, Z. (ur.). Osijek, Hrvatska, 2021. str. 258-258. – PDF
Kasap, A.; Špehar, M., Gorjanc, G., Ivanković, A., Barać, Z., Ramljak, J. Analysis of genealogical information and estimation of population parameters in population of Istrian sheep. 56hrvatski i 16 međunarodni simpozij agronoma, Book of Abstracts. Rozman, V., Antunović, Z. (ur.). Osijek, Hrvatska, 2021. str. 258-258. – PDF
Kasap, A.; Špehar, M.; Mioč, B.; Držaić, V.; Širić, I.; Jurković, D.; Ramljak, J. The impact of age at first lambing on some dairy traits in Istrian sheep breed. 56 hrvatski i 16 međunarodni simpozij agronoma, Book of Abstracts. Rozman, V., Antunović, Z. (ur.). Osijek, 2021. str. 257-257. – PDF
Ramljak, J., Špehar, M., Ivanković, A., Kasap, A. Assessing genetic diversity of Pag sheep through pedigree analyses. Book of Abstracts of the International Symposium 29th Animal Science days. Gödöllő, Mađarska, 2021. str. 1-1.– PDF
Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Estimation of genetic connectedness between flocks in population of Istrian sheep. Book of Abstracts of the International Symposium 29th Animal Science days. Gödöllő, Mađarska, 2021. str. 1-1. – PDF
Kasap, A.; Ramljak, J.; Špehar, M. Genomic PCA – a proxy for monitoring genetic connectedness between flocks (case study on sheep). Book of Abstracts of the 72th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science / EAAP scientific committee (ur.). Davos, Švicarska, 2021. str. 451-451. – Link, PDF
Špehar, M.; Ramljak, J.; Kasap, A.; Estimation of genetic parameters and the effect of inbreeding on dairy traits in Istrian sheep. Italian Journal of Animal Science 2021, 1, 331-342, doi.org/10.1080/1828051X.2022.2031320. – Link, PDF
Diseminacija
8. Stručno savjetovanje uzgajivača istarske koze; 29.11.2023., Pazin
7. Radionica & 26. Međunarodni simpozij biometrike;
14.-17.06.2023., Zadar
6. 24. savjetovanje uzgajivača ovaca i koza u Republici Hrvatskoj i 23. izložba hrvatskih ovčjih i kozjih sireva; 24.-25.10.2022., Seget Donji
5.Reportaža emisije Plodovi zemlje na HRT1 “Spašavanje istarske ovce”
10.04.2022., Pazin
4. 23. savjetovanje uzgajivača ovaca i koza u Republici Hrvatskoj i i 22. izložba hrvatskih ovčjih i kozjih sireva; 30.09.-01.10.2021., Rabac
3. Članak u Ovčarsko kozarskom listu “Razvoj strategije za implementaciju selekcije s optimalnim doprinosima u funkciji genetskog napretka i očuvanja genetskog diverziteta za svojstva mliječnosti”
2. Obuka djelatnika za upravljanje bazama podataka genetskog materijala,
siječanj, 2021.
1. 22. savjetovanje uzgajivača ovaca i koza u Republici Hrvatskoj,
25. studeni 2020., on-line;
Špehar, M., Ramljak, J., Kasap, A. (2020):
Razvoj strategije za implementaciju selekcije s optimalnim doprinosima u funkciji genetskog napretka i očuvanja genetskog diverziteta za svojstva mliječnosti.
ISTRAŽIVAČKA GRUPA